ساخت مسجد جامع شوشتر مربوط به صدر اسلام و دوره سیزدهمین خلیفه عباسی که در زمان امام حسن عسکری خلافت می‌کرده آغاز شده‌است. مسجد جامع شوشتر در جانب غربی شوشتر قرار دارد و بر طبق نوشته کتب تاریخی، در سال ۲۵۴۴ ه. ق توسط المعتزبالله (خلیفه عباسی) بنیان نهاده شد و سال‌ها بعد توسط المسترشد بالله (خلیفه دیگر عباسی) بنا به اتمام رسید.
براساس شواهد موجود بنای اولیه مسجد به سبک منسوب به عربی مشتمل بر شبستانی در جانب قبله و شاید رواقی در اضلاع دیگر صحن بوده استساخته شده بود و همچنین بر اساس نوشته تذکره شوشتری، شبستان مسجد تیرپوش بوده تا اینکه در دوره صفوی و در سال ۱۰۸۸ ه. ق به جهت فساد تیرهای چوبی، شبستان با طاق‌های آجری بر روی پایه‌های متشکل از قطعات سنگی پوشیده شده است و بر این اساس بنای فعلی مسجد، بیشتر از آثار دوره صفوی و بعد از آن می‌باشد و از بنای اولیه، غیر از نقشه ساختمانی، بقایای کتیبه بخشی از دیوار جانب قبله و دیوار شرقی بین گلدسته و منار و خود منار که در قرن هشتم هجری به بنای اولیه افزوده شده، چیز دیگری باقی نمانده است.
شبستان مسجد دارای ۴۸ ستون سنگی و سقف‌های گنبدی بین ستونهاست. در این شبستان یک منبر چوبی و کتیبه‌هایی به خطوط ثلث، کوفی ونستعلیق وجود دارد. دیواره‌های خارجی مسجد نیز با ستون‌های سنگ تراشیده با طاق رومی بلند و بعضی نقش‌های لچکی در روی بعضی از ستونها است. در ضلع شرقی مسجد، بقایای مناره زیبایی از قرن هشتم قرار دارد که تا اواسط قرن دوازدهم هجری، ۲۶۶ متر از ارتفاع مناره برجای مانده بود که امروزه تنها ۱۶ متر آن باقی است و کتیبه تاریخی آن بر لوحی سنگی بر قسمت بالای مناره نصب بوده است که براساس کتیبه مزبور، بانی مناره، سلطان اویس بن حسن ایلکانی است. در وصف این مسجدَ لغت نامه دهخدا نوشته‌است که پس از مسجد کوفه، قبله این مسجد از تمام مساجد دیگر در اعتدال است.
هر خلیفه عباسی که در مسجد کاری انجام می‌داد، کتیبه‌ای بر مسجد نصب می‌کرد و همچنین بسیاری از دستورها حکومتی و احادیث زیادی در قالب کتیبه‌های خطی و سنگ نوشته بر دیوار حکاکی و یا نصب گردیده است که در حال حاضر تنها ۱۹ کتیبه باقی‌مانده است و بسیاری از آنها درر تعمیرات دهه ۴۰ و بعد از آن از بین رفته است برخی از این فرامین مانند دستور ممنوعیت شرب خمر و کبوتر بازی بوده است و برخی دیگر که با خط کوفی و زیبا بر سنگ حک شده است و در دهه ۲۰ در مسجد جامع قاب گرفته شده است، به دستوراتی حکومتی دربارهٔ قلعه سلاسل مربوط می‌گردد.
در ضلع شرقی صحن مسجد، در غرفه اختصاصی کوچکی، قبر مؤلف تذکره شوشتر: سیدعبدالله جزایری و پدرش سیدنورالدین - به ترتیب، متوفی ۱۱۷۳ و ۱۱۵۸ ه-. ق - قرار دارد. این مسجد به شماره ۲۸۶ در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده است و مالکیت آن در اختیار اداره اوقاف می‌باشد.
نقشه اتوکدی پلان و نمای مسجد جامع شوشتر