فرمت فایل : WORD (قابل ویرایش)
تعداد صفحات:90
پایان‌نامه برای دریافت درجه کارشناسی ارشد زیست شناسی
گرایش ژنتیک
فهرست مطالب:
چکیده .....................................................................................................................................................................................................1
فصل اول: کلیات تحقیق
1-1-.اپیدمیولوژی سرطان معده........................................................................................................................................................2
1-2- معده...............................................................................................................................................................................................3
1-2-1- کاردیا.....................................................................................................................................................................................4
1-2-2- طاق و تنه.............................................................................................................................................................................4
1-2-3- پیلور.......................................................................................................................................................................................5
1-3- سلول های موجود در غدد معده.............................................................................................................................................5
1-3-1- سلول های گردن مخاط....................................................................................................................................................5
1-3-2- سلول های تمایز نیافته.....................................................................................................................................................6
1-3-3- سلول های اصلی.................................................................................................................................................................6
1-3-4- سلول های کناری یا جداری ...........................................................................................................................................6
1-3-5- سلول های غدد درون ریز ................................................................................................................................................7
1-4- انواع سرطان معده.......................................................................................................................................................................7
1-4-1- آدنوکارسینوم نوع روده ای................................................................................................................................................7
1-4-2- آدنوکارسینوم نوع منتشر...................................................................................................................................................8
1-5- اتیولوژی سرطان معده................................................................................................................................................................9
1-5-1 هلیکوباکتر پیلوری.................................................................................................................................................................9
1 -5-2- رژیم غذایی........................................................................................................................................................................10
1 -5-3- سیگار.................................................................................................................................................................................10
1-5-4- فاکتورهای ژنتیکی............................................................................................................................................................11
1-6- مخاط معده..................................................................................................................................................................................12
1-7- موکوس معده..............................................................................................................................................................................12
1-8- پروتئین های گاستروکین .......................................................................................................................................................13
1-8-1- ژن GKN1 .........................................................................................................................................................................15
1-8-2-نقش GKN1 در معده و سرطان معده..........................................................................................................................16
1-9- ارتباط پلی مورفیسم‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های ژنتیکی با خطر ابتلا به سرطان...............................................................................................18
1-10- اهداف تحقیق.........................................................................................................................................................................20
فصل دوم:پیشینه تحقیق
فصل سوم:مواد و روش ها
3-1- وسایل و مواد مورد استفاده در این مطالعه..........................................................................................................................24
3-2- نوع مطالعه...................................................................................................................................................................................26
3-3- جامعه آماری و نمونه گیری................................................................................................................................. ..................26
3-4- رضایت نامه..................................................................................................................................................................................27
3-5- روش تهیه محلول‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های مورد نیاز جهت انجام الکتروفورز..................................................................................................27
3-5-1-روش تهیه بافر الکتروفورز TBE در حجم 500 میلی لیتر.........................................................................................27
3-5-2- محلول رنگ آمیزی DNA Stain ..................................................................................................................................28
3-6- استخراج DNA از خون.............................................................................................................................................................28
3-7- تهیه ژل آگارز و الکتروفورز.......................................................................................................................................................29
3-8- طراحی پرایمر..............................................................................................................................................................................30
3-9- تکثیر ناحیه پروموتری ژن GKN1....................................................................................................................................... 31
3-10- توالی یابی...................................................................................................................................................................................35
3-11- شناسایی SNPهای پروموتر ژن GKN1 ............................................................................................................................35
3-12- تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR................................................................................................................................35
3-13- تعیین ژنوتیپ SNP با شناسه های rs4575760 و rs4072127 با روش Tetra- primer ARMS PCR............37
3-14- آنالیز آماری...............................................................................................................................................................................42
پرسشنامه.................................................................................................................................................................................................43
فصل چهارم-نتایج
4-1- مشخصات جمعیت مورد مطالعه..........................................................................................................................................44
4-2- بررسی ارتباط فاکتورهای خطر با سرطان معده................................................................................................................47
4-2-1- عفونت هلیکوباکتر پیلوری............................................................................................................................................47
4-2-2- مصرف الکل.......................................................................................................................................................................48
4-2-3- ازدواج فامیلی والدین......................................................................................................................................................49
4-2-4- سابقه سرطان در خانواذه...............................................................................................................................................51
4-3- بررسی کیفیت DNA استخراج شده...................................................................................................................................51
4-4- تکثیر ناحیه پروموتری ژن GKN1......................................................................................................................................52
4-5- شناساییSNP های ناحیه پروموتری ژن GKN1............................................................................................................53
4-6- تعیین ژنوتیپ SNPبا شناسه‌های rs4575760 وrs4072127 با تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR.........55
4-7- بررسی ارتباط پلی مورفیسم rs 4575760 ژنGKN1 با خطر ابتلا به سرطان معده..............................................58
4-8- بررسی ارتباط پلی مورفیسم rs 4072127 ژن GKN1 با خطر ابتلا به سرطان معده..............................................58
4-9- بررسی ارتباط پلی مورفیسم‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های ژنGKN1 با نوع تومور............................................................................................60
فصل پنجم-بحث و نتیجه گیری
5-1- عوامل موثر در ابتلا به سرطان معده.................................................................................................................................62
5-1-1- بررسی نتایج حاصل از اثر عفونت هلیکوباکتر پیلوری بر ابتلا به سرطان معده.................................................63
5-1-2- بررسی نتایج حاصل از تاثیر الکل با خطر ابتلا به سرطان معده...........................................................................63
5-1-3- سابقه سرطان در خانواده (اقوام درجه یک).............................................................................................................64
5-1-4- نتایج حاصل از بررسی ارتباط پلی مورفیسم‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های تک نوکلئوتیدی پروموتر ژن GKN1 با خطر ابتلا به سرطان
معده......................................................................................................................................................................................................65
پیشنهادات.............................................................................................................................................................................................67
رفرنس....................................................................................................................................................................................................68
چکیده خارجی.....................................................................................................................................................................................78
فهرست شکل ها
شکل 1-1-قسمت‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های مختلف معده...............................................................................................................................................4
شکل 1- 2- ترکیبات تشکیل دهنده موکوس.............................................................................................................................12
شکل1 - 3- ساختار فضایی پروتئین های گاستروکین.............................................................................................................14
شکل 1-4- بیان GKNS، TFFS و موسین‌ها در اپیتلیوم معده موش.....................................................................................14
شکل 1-5- جایگاه ژنهای GKN1، GKN2 و GKN3 بر روی کروموزوم 2 انسان...........................................................15
شکل 1-6- موقعیت 38CYS در 3 ژنGKN1، GKN2 و GKN3.......................................................................................16
شکل 3-1: نمایی از تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR....................................................................................................36
شکل 4-1: الکتروفورز DNA استخراج شده بر روی ژل آگارز 1 درصد. .............................................................................51
شکل 4-2: تکثیر بخشی از ناحیه پروموتری ژن GKN1 (GKN1A)................................................................................52
شکل 4-3: تکثیر بخشی از ناحیه پروموتری ژن GKN1 (GKN1B)...................................................................................53
شکل 4-4 : مقایسه توالی ناحیه پروموتر ژن GKN1 با نرم افزار SeqMan ........................................................................54
شکل 4-5: ژنوتیپ‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های مختلف در SNP rs 4557760 در پروموتر ژن GKN1.................................................................54
شکل4-6 :ژنوتیپ‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های مختلف در SNP 72127 rs 40 در پروموتر ژن GKN1 ................................................................55
شکل4-7: تعیین ژنوتیپ SNP با شناسه 4557760 rs ژن GKN1 با تکنیک Tetra Primer ARMS- PCR...........56
شکل4- 8: تعیین ژنوتیپ SNP با شناسه 4072127 rsژن GKN1 با تکنیک .Tetra Primer ARMS- PCR.........57
شکل 5-1: نواحی پروموتری ژنهای GKN2، TFF1، TFF2 و TFF3 و فاکتورهای رونویسی مربوط به این ژن‌ها....67
فهرست جداول
جدول 1-1- خلاصه ای از پلی مورفیسم‌ها‌یی که با انواع منتشر و روده ای سرطان معده در ارتباط هستند...............19
جدول 3-1- توالی پرایمرهای GKN1A و GKN1B...................................................................................................................32
جدول 3-2- شرایط PCR جهت تکثیر ناحیه پروموتری ژن GKN1 (GKN1A و GKN1B ).........................................33
جدول 3-3- میزان مواد مورد نیاز PCR جهت تکثیر ناحیه پروموتری ژن GKN1.............................................................34
جدول 3-5- توالی پرایمرهای مورد استفاده در Tetra- primer ARMS PCR برای تعیین ژنوتیپ rs4575760........37
جدول 3-6- توالی پرایمرهای مورد استفاده در Tetra- primer ARMS PCR برای تعیین ژنوتیپ rs4072127........38
جدول 3-7- مواد و حجم مورد نیاز برای انجام Tetra- primer ARMS PCR برای تعیین ژنوتیپrs 4575760 ......39 جدول 3-8- مواد و حجم مورد نیاز برای انجام Tetra- primer ARMS PCR برای تعیین ژنوتیپ rs 4072127 ....40 جدول3-9- شرایط PCR برای تعیین ژنوتیپ rs4575760................................... ................................41 جدول3-10- شرایط PCR برای تعیین ژنوتیپ rs4072127...................................................................................................41 جدول4-1: مشخصات نمونههای جمعیت A...............................................................................................................................45
جدول4-2: مشخصات نمونههای جمعیت B...............................................................................................................................46
جدول 4-3: ژنوتیپ نمونههای بیمار و شاهد پلیمورفیسم rs 4557760 ............................................................................59
جدول 4-4: ژنوتیپ نمونههای بیمار و شاهد پلی مورفیسم rs 4072127 ..........................................................................59
فهرست نمودارها
نمودار4-1- فراوانی سرطان های Intestinal (19 نفر)و diffuse (12 نفر) در بیماران آلوده به هلیکوباکتر پیلوری در
جمعیت A............................................................................................................................................................................................47
نمودار 4-2- فراوانی سرطان های Intestinal (17 نفر) و diffuse (11 نفر) در مبتلایان به هلیکوباکتر پیلوریدر
جمعیت B...........................................................................................................................................................................................48
نمودار4-3: فراوانی افراد الکلی و غیر الکلی در گروه بیمار و شاهد در جمعیت A............................................................49
نمودار 4-4: فراوانی افراد الکلی و غیر الکلی در گروه بیمار و شاهد در جمعیتB ..........................................................49
نمودار 4-5: فراوانی ازدواج فامیلی و غیر فامیلی والدین در گروه بیمار و شاهد جمعیت A..........................................50
نمودار 4-6: فراوانی ازدواج فامیلی و غیر فامیلی والدین در گروه بیمار و شاهد جمعیت B.........................................50
چکیده
مقدمه: سرطان معده شایع ترین سرطان در کشورهای آسیایی محسوب می‌‌‌‌‌‌‌‌شود و در ایران نیز به عنوان شایع ترین و اولین علت مرگ و میر به دلیل سرطان در میان مردان و دومین علت مرگ و میر در میان زنان است. یکی از عواملی که با سرطان معده ارتباط دارد، تغییر در ترکیب موکوس معده است که سطح اپیتلیال معده را پوشانده است. هدف: یکی از فراوان ترین پروتئین‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های موجود در موکوس معده گاستروکین 1 است که توسط ژن GKN1 در انسان کد می‌‌‌‌‌‌‌‌شود. این پروتئین در عملکرد طبیعی معده مثل تمایز طبیعی سلول‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های اپیتلیال معده، یکپارچگی مخاط و ترمیم سلول‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های اپیتلیال معده پس از آسیب نقش مهمی ایفا می کند. بیان ژن GKN1 در سرطان معده کاهش می یابد و از این ژن به عنوان ژن سرکوب کننده تومور در معده نام برده می شود.
مواد و روش ها: با توجه به نقش مهم گاستروکین 1 در اپیتلیوم معده و کاهش بیان ژن GKN1 در سرطان معده و نقش تنظیمی پروموتر در بیان ژن ها، در این مطالعه 52 بیمار مبتلا به سرطان معده و 52 فرد سالم انتخاب شده و پلی مورفیسم‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های تک نوکلئوتیدی قرار گرفته در ناحیه پروموتری ژن GKN1 با استفاده از توالی یابی و تکنیک Tetra-primer ARMS PCR بررسی گردید.
نتیجه گیری: نتایج نشان داد که پلیمورفیسم تک نوکلئوتیدی rs 4575760 با خطر ابتلا به سرطان معده ارتباط دارد (032/0=P , 1=df ,9/0-1/0 =%95CI ,42/0=OR). اما پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی rs 4072127 با خطر ابتلا به سرطان معده ارتباط ندارد ( 13/0 =P , 1 =df , 52/4 - 8/0=%95CI , 919/1 =OR).
کلمات کلیدی: سرطان معده، ژن GKN1، پروموتر، پلیمورفیسم تک نوکلئوتیدی، Tetra-primer ARMS- PCR.
پایان نامه بررسی ارتباط پلی مورفیسم های پروموتر ژن GKN1 با خطر ابتلا به سرطان معده