دانلود نمونه آماده پایان نامه/مقاله پروتئین های مرتبط با بیماریزایی درباره با فرمت word-ورد 70 صفحه

اختصاصی از هایدی دانلود نمونه آماده پایان نامه/مقاله پروتئین های مرتبط با بیماریزایی درباره با فرمت word-ورد 70 صفحه دانلود با لینک مستقیم و پر سرعت .

پروتئین های مرتبط با بیماریزایی

(pathigenesis related proteins )

مقدمه و خلاصة موضوع

در گونه های گیاهی هزاران ژن مقاومت (R) در برابر عوامل بیماری ویروسی ، باکتریایی ، قارچی و نماتدی وجود دارد . ظهور مقاومت در بر هم کنش میزبان و عامل بیماری مستلزم بیان ژن مقاومت (R) در میزبان و ژن غیربیماریزا (Avr) در عامل بیماری می باشد . باور بر اینست که ژنهای مقاومت گیاه را قادر می سازند که ژنهای غیر بیماریزا را شناسایی کرده ، فرآیند انتقال پیام را آغاز نموده و واکنش دفاعی را فعال سازند . رویدادهای انتقال پیام که منجر به ظهور مقاومت می شوند عبارتند از جریانهای یونی در عرض غشاء سلولی ، تولید گونه های اکسیژن واکنشی ، تغییر حالت فسفوریلاسیون ، فعالیت رونویسی از سیستم های دفاعی گیاه و مرگ سریع سلولی در موضع آلودگی ( واکنش فوق   حساسیت ) . هرچند که پاسخهای دفاعی از سوی گیاه در تقابل با عوامل بیماری ، متفاوت می باشند ، اما خصوصیات مشترکی نیز بین آنها وجود دارد . مهمترین ویژگی ژن های R این است که این ژنها در گونه های مختلف گیاهی که سبب مقاومت اختصاصی در برابر طیف وسیعی از عوامل بیماری می شوند ، اغلب پروتئین هایی با ساختمان مشابه را رمز می نمایند . ژنهای R همسانه شده به چهار گروه اصلی تقسیم می شوند . یکی از آسان ترین ، به صرفه ترین و از لحاظ زیست محیطی ایمن ترین راهای کنترل بیماریهای گیاهی استفاده از ارقام مقاوم است و به نژاد گران بطور گسترده ای به طریقة کلاسیک از ژنهای مقاومت در این زمینه استفاده نموده اند . اکنون با دسترسی به ژنهای R همسانه شده ، فرصتی برای انتقال ژنهای R جدید به گیاهان از طریق تراریختی ژنتیکی فراهم آمده است . تا زمانی که این روشها از لحاظ قابلیت اعتماد ، انعطاف پذیری و هزینه با روشهای اصلاح نباتات کلاسیک قابل مقایسه نباشند و یا برتری نداشته باشند ، نمی توان انتظار داشت که بطور گسترده مورد استفاده قرار گیرند . با توجه به ظرفیت قوی این روشها در عبور از موانعی همچون تفاوت گونه ای و صف آرایی ژنهای R به فرم دلخواه به نظر می رسد که تراریختی در آینده ای نزدیک در برنامه های اصلاحی وارد شود .

دانلود مقاله ISI اتصال مولکول کوچک لیگاند به پروتئین ها: '' آنچه می بینید '' است که همیشه '' آنچه کسب می کنید ''

اختصاصی از هایدی دانلود مقاله ISI اتصال مولکول کوچک لیگاند به پروتئین ها: '' آنچه می بینید '' است که همیشه '' آنچه کسب می کنید '' دانلود با لینک مستقیم و پر سرعت .

موضوع فارسی :اتصال مولکول کوچک لیگاند به پروتئین ها: '' آنچه می بینید '' است که همیشه '' آنچه کسب می کنید ''

موضوع انگلیسی :<!--StartFragment -->

Binding of Small-Molecule Ligands to Proteins: ‘‘What You See’’ Is Not Always ‘‘What You Get’’

تعداد صفحه :10

فرمت فایل :PDF

سال انتشار :2009

زبان مقاله : انگلیسی

ما بینش از مطالعات محاسباتی جوامع فی AF لیگاند اتصال به پروتئین را بررسی کند. قدرت زیست شناسی ساختاری در ترجمه دانش از ساختارهای پروتئینی به بینش در مورد نیروهای خود، الزام آور، و مکانیزم است. با این حال، قدرت مکمل کامپیوتر شبیه سازی در نشان دادن '' بقیه داستان '' است (به عنوان مثال، چگونه حرکات و گروه ها و conformers جایگزین و آنتروپی و نیروهای که می تواند در ساختارهای مولکولی تنها دیده نمی شود همچنین به اتصال جوامع فی AF کمک). پس از اتصال به پروتئین، لیگاند می توانید در جهت گیری های متعدد متصل؛ پروتئین و یا لیگاند می توان با اتصال رویداد تغییر شکل؛ آب، یون ها، و یا می توانید عنوان کوفاکتور دخالت غیر منتظره؛ و آنتروپی ساختاری و یا حلال پوشی گاهی اوقات می تواند نقش بزرگ و در غیر این صورت غیر قابل پیش بینی بازی کند. کامپیوتر شبیه سازی است کمک به روشن این عوامل است.

شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین و آب با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS)

اختصاصی از هایدی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین و آب با استفاده از نرم افزار لمپس (LAMMPS) دانلود با لینک مستقیم و پر سرعت .

در این آموزش شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین و آب با میدان نیروی charmm27 توضیح داده شده است. هدف از این شبیه سازی تولید دیتافایل و فایل ورودی برای شبیه سازی است. گام به گام و به زبان ساده توضیح داده شده است. همه فایلهای مورد نیاز برای این شبیه سازی در اختیار شما قرار میگیرد. حجم فایل در حدود ۲۰۰ مگابایت و مجموع طول ۲ فیلم (هم شبیه سازی پروتئین و هم شبیه سازی آب) ۴۳ دقیقه است. سعی شده است فیلم با بهترین کیفیت تولید شود.

تعریف و تعیین عیار پروتئین شیر

اختصاصی از هایدی تعریف و تعیین عیار پروتئین شیر دانلود با لینک مستقیم و پر سرعت .

تعریف و تعیین عیار  پروتئین شیر ، با فرمت ورد 11 صفحه

تعریف عیار پروتئین:

اسیدینه ای را که در واکنش فوق ظاهر میگردد میتوان در مجاورت فنل فتالئین با سود تیتره نموده و از روی عبارت پروتئین به نسبت درصد پروتئینهای موجود در شیر پی برد. عیار پروتئین که به (Eiweisstiter=Et) نشان داده میشود عبارتست از تعداد میلی لیترهای سودکه برای 25 میلی لیتر شیر لازم است تا پس از اضافه کردن فرمالدئید در مجاورت فنل فتالئین رنگ استاندارد بدست آید عیار پروتئین در شیرهای تازه نسبت درصد مقدار پروتئین را نشان میدهد.

وسائل لازم برای آزمایش:

• یک بورت مدرج (تا 01/0 میلی لیتر).
• 2بشر 250تا 400 میلی لیتری
• یک پیپت 25 میلی لیتری.
• یک پیپت 5/0 میلی لیتری

درصورت امکان می توان از دستگاه سنجش پروتئینهای شیر ساخت ژربر استفاده نمود. این دستگاه شامل بورتیست که ستون مدرج آن نسبت درصد پروتئینها را مستقیماً در 25 میلی لیتر شیر نشان میدهد.

معرف های لازم برای آزمایش:

• محلول سود(n143/0) عاری از
• محلول الکلی فنل فتالئین(2گرم فنل فتالئین را با الکل 96 درجه به 100 میلی لیتر میرسانیم).
• محلول اکسالات دو پتاس (28 گرم اکسالات دوپتاس خنثی را با آب مقطر به 100 میلی لیتر میرسانیم).
• محلول تجارتی فرمالین 40 درصد
• محلول سولفات دوکوبالت (25 گرم سولفات دوکوبالت را با آب مقطر به 100   میلی لیتر میرسانیم).

در صورت امکان میتوان از معرفهای آماده ساخت ژربر که برای 200 آزمایش کافیست استفاده نمود.

مشخصات نمونه مورد آزمایش:

شیر مورد آزمایش نباید حاوی مواد نگهدارنده مانند بی کرمات دوپتاس یا فرمل باشد نمونه را قبل از آزمایش بحرارت 20 درجه سانتیگراد رسانده و بدون اینکه کف کند خوب بهم میزنیم.

طرز عمل:

الف)تهیه رنگ استاندارد:

در یکی از بشرها 25 میلی لیتر شیر, یک میلی لیتر از محلول اکسالات دوپتاس و 5/0 میلی لیتر از محلول 5 درصد سولفات کوبالت میریزیم رنگ استاندارد باید هر ساعت یکمرتبه تعویض گردد.

ب)تیتراسیون:

در بشر دیگر 25 میلی لیتر شیر, یک میلی لیتر از محلول اکسالات دوپتاس و 25/0 میلی لیتر فنل فتالئین ریخته و پس از اینکه بهم زدیم با سود تیتره مینماییم و با رنگ استاندارد مقایسه می کنیم. سپس 5 میلی لیتر از فرمالین 40درصد اضافه نموده و پس از لااقل یک دقیقه تا بدست آمدن رنگ گلی مشابه استاندارد باسود تیتره مینماییم. میلی لژترهای سود مصرف شده عیار پروتئین شیر را نشان میدهد.

دقت آزمایش:

این آزمایش تا03/0 درصد پروتئین را نشان می دهد. آزمایش فوق العاده سریع بوده و در مورد تعداد زیاد نمونه چنانچه با یکدستگاه 2 نفر کار کنند هر آزمایش بیش از 2 دقیقه بطول نخواهد انجامید.

روش تیتراسیون فرمل در عمل بیشتر برای سنجش نسبت درصد پروتئین شیرهای مخلوط و اندازه گیری با زده پنیرسازی مورد استفاده قرار میگیرد و در مورد شیرهای انفرادی(یا شیر یک سر دام) دقت زیادی ندارد.

علل اصلی اشتباه در عمل:

علل اصلی که ممکن است موجب اشتباه در عمل گردند عبارتند از:

سمینار ارشد برق پیشگویی ساختار پروتئین ها به کمک کنترل فازی

اختصاصی از هایدی سمینار ارشد برق پیشگویی ساختار پروتئین ها به کمک کنترل فازی دانلود با لینک مستقیم و پر سرعت .

چکیده

در این تحقیق به بررسی کنترل فازی در تعیین ساختار پروتئین ها می پردازیم. ابتدا ساختار چهار گانه پروتئین ها معرفی شده است ساختار اول توالی اسیدهای آمینه به عنوان اجزای سازنده پروتئین در یک زنجیره پلی پپتیدی معرض می شود. ساختار دوم پروتئین ها را ساختار موضعی یا نظم در یک بعد نیز می گویند ساختار سوم پروتئین همان شکل کروی و به هم فشرده آن است و ساختار چهارم به بررسی جایگری و شکل زیر واحدهای ساختاری پروتئین می پردازد.

در ادامه کنترل کننده های فازی به عنوان روشی برای توصیف پدیده های نامشخص و همراه عدم قطعیت معرفی شده است از آنجا که دنیای بیوانفورماتیک بسیار پیچیده تر از آن است که بتوان آن را بطور دقیق توصیف و مدل کرد و عملکرد آن را بدست آورد. بنابراین با یک مدل تقریبی یا همان فازی که قابل قبول و قابل تجزیه و تحلیل باشد به پیشگویی ساختار پروتئین ناشناخته و جدید می پردازیم و به دنبال این هستیم که بالاترین شباهت را بین پروتئین ناشناخته و یک پروتئین که از قبل آن را می شناختیم بدست آوریم.

فهرست مطالب:

چکیده.......................................................................................................................................................................... 1
مقدمه........................................................................................................................................................................... 2
فصل اول : کلیات................................................................................................................................................... 3
1 هدف............................................................................................................................................................ 4 -1
2 پیشینه تحقیق.......................................................................................................................................... 5 -1
3روش کار و تحقیق..................................................................................................................................... 5 -1
فصل دوم : ساختار پروتئین ها ........................................................................................................................ 7
1-2 مقدمه ....................................................................................................................................................... 8
2-2 نیروهای غیر کووالان در ساختار پروتئین .............................................................................. 11
1-2-2 بر همکنش های الکتروستاتیک............................................................................................. 12
2-2-2 بر همکنش واندروالز................................................................................................................... 12
3-2-2 پیوندهای هیدورژنی................................................................................................................... 13
4-2-2 بر همکنش های آب گریز........................................................................................................ 14
5 نقش آب در سلول..................................................................................................................... 14 - 2-2
6-2-2 اسیدهای آمینه گوناگون............................................................................................................ 16
ح
3-2 ساختار پروتیئنی............................................................................................................................... 17
1-3-2 ساختار اول..................................................................................................................................... 17
1-1-3-2 آرایش فضایی در زنجیره پلی پپتین.............................................................................. 19
2ساختار دوم.................................................................................................................................... 21 -3-2
1-2-3-2 مارپیچ ها .................................................................................................................................. 21
2-2-3-2 صفحات تا خوردة بتا............................................................................................................ 22
3-3-2 ساختار اولیه فرا ثانویه............................................................................................................. 25
4-3-1 ساختار سوم ............................................................................................................................... 25
5-3-2 ساختار چهارم............................................................................................................................ 27
4-2 پروتئین های مرتبط به هم از نظر تکاملی.............................................................................. 27
1-4-2 روش های مختلف تعیین ساختار پروتئین ها.................................................................. 28
4-2-2 پیش بینی و طراحی ساختار پروتیئن................................................................................. 28
فصل سوم : سیستم های فازی...................................................................................................................... 30
1مقدمه........................................................................................................................................................ 31 -3
2-3 سیستم های فازی چگونه سیستم هایی هستند؟................................................................ 32
3-3 مجموعه فازی..................................................................................................................................... 33
1-3-3 تعریف مجموعه فازی................................................................................................................. 33
2-3-3 نمایش توابع تعلق....................................................................................................................... 33
4-3 عملیات روی مجموعه های فازی................................................................................................ 34
5 پایگاه قواعد و ساخت موتور استنتاج......................................................................................... 36 -3
1 ترکیب ممدانی............................................................................................................................. 36 - 5-3
ط
فصل چهارم : پیاده سازی پیشگویی ساختار پروتئین ها با استفاده از کنترل فازی................. 37
1 مقدمه ...................................................................................................................................................... 38 -4
2-4 بدست آوردن ماکزیمم شباهت و پیشگویی ساختار پروتئین.......................................... 38
3-4 پیاده سازی روش ........................................................................................................................... 41
فصل ششم : نتیجه گیری وپیشنهادات........................................................................................................... 43
1نتیجه گیری..................................................................................................................................................... 44 -6
2پیشنهادات...................................................................................................................................................... 44 -6
منابع و ماخذ............................................................................................................................................................. 45
-1 فهرست منابع فارسی......................................................................................................................................... 46
-2 فهرست منابع لاتین........................................................................................................................................... 46
-3 سایت های اطلاع رسانی.............................................................................................................................. 47
چکیده انگلیسی...................................................................................................................................................... 48