چکیده
در این تحقیق به بررسی کنترل فازی در تعیین ساختار پروتئین ها می پردازیم. ابتدا ساختار چهار گانه پروتئین ها معرفی شده است ساختار اول توالی اسیدهای آمینه به عنوان اجزای سازنده پروتئین در یک زنجیره پلی پپتیدی معرض می شود. ساختار دوم پروتئین ها را ساختار موضعی یا نظم در یک بعد نیز می گویند ساختار سوم پروتئین همان شکل کروی و به هم فشرده آن است و ساختار چهارم به بررسی جایگری و شکل زیر واحدهای ساختاری پروتئین می پردازد.
در ادامه کنترل کننده های فازی به عنوان روشی برای توصیف پدیده های نامشخص و همراه عدم قطعیت معرفی شده است از آنجا که دنیای بیوانفورماتیک بسیار پیچیده تر از آن است که بتوان آن را بطور دقیق توصیف و مدل کرد و عملکرد آن را بدست آورد. بنابراین با یک مدل تقریبی یا همان فازی که قابل قبول و قابل تجزیه و تحلیل باشد به پیشگویی ساختار پروتئین ناشناخته و جدید می پردازیم و به دنبال این هستیم که بالاترین شباهت را بین پروتئین ناشناخته و یک پروتئین که از قبل آن را می شناختیم بدست آوریم.
فهرست مطالب:
چکیده.......................................................................................................................................................................... 1
مقدمه........................................................................................................................................................................... 2
فصل اول : کلیات................................................................................................................................................... 3
1 هدف............................................................................................................................................................ 4 -1
2 پیشینه تحقیق.......................................................................................................................................... 5 -1
3روش کار و تحقیق..................................................................................................................................... 5 -1
فصل دوم : ساختار پروتئین ها ........................................................................................................................ 7
1-2 مقدمه ....................................................................................................................................................... 8
2-2 نیروهای غیر کووالان در ساختار پروتئین .............................................................................. 11
1-2-2 بر همکنش های الکتروستاتیک............................................................................................. 12
2-2-2 بر همکنش واندروالز................................................................................................................... 12
3-2-2 پیوندهای هیدورژنی................................................................................................................... 13
4-2-2 بر همکنش های آب گریز........................................................................................................ 14
5 نقش آب در سلول..................................................................................................................... 14 - 2-2
6-2-2 اسیدهای آمینه گوناگون............................................................................................................ 16
ح
3-2 ساختار پروتیئنی............................................................................................................................... 17
1-3-2 ساختار اول..................................................................................................................................... 17
1-1-3-2 آرایش فضایی در زنجیره پلی پپتین.............................................................................. 19
2ساختار دوم.................................................................................................................................... 21 -3-2
1-2-3-2 مارپیچ ها .................................................................................................................................. 21
2-2-3-2 صفحات تا خوردة بتا............................................................................................................ 22
3-3-2 ساختار اولیه فرا ثانویه............................................................................................................. 25
4-3-1 ساختار سوم ............................................................................................................................... 25
5-3-2 ساختار چهارم............................................................................................................................ 27
4-2 پروتئین های مرتبط به هم از نظر تکاملی.............................................................................. 27
1-4-2 روش های مختلف تعیین ساختار پروتئین ها.................................................................. 28
4-2-2 پیش بینی و طراحی ساختار پروتیئن................................................................................. 28
فصل سوم : سیستم های فازی...................................................................................................................... 30
1مقدمه........................................................................................................................................................ 31 -3
2-3 سیستم های فازی چگونه سیستم هایی هستند؟................................................................ 32
3-3 مجموعه فازی..................................................................................................................................... 33
1-3-3 تعریف مجموعه فازی................................................................................................................. 33
2-3-3 نمایش توابع تعلق....................................................................................................................... 33
4-3 عملیات روی مجموعه های فازی................................................................................................ 34
5 پایگاه قواعد و ساخت موتور استنتاج......................................................................................... 36 -3
1 ترکیب ممدانی............................................................................................................................. 36 - 5-3
ط
فصل چهارم : پیاده سازی پیشگویی ساختار پروتئین ها با استفاده از کنترل فازی................. 37
1 مقدمه ...................................................................................................................................................... 38 -4
2-4 بدست آوردن ماکزیمم شباهت و پیشگویی ساختار پروتئین.......................................... 38
3-4 پیاده سازی روش ........................................................................................................................... 41
فصل ششم : نتیجه گیری وپیشنهادات........................................................................................................... 43
1نتیجه گیری..................................................................................................................................................... 44 -6
2پیشنهادات...................................................................................................................................................... 44 -6
منابع و ماخذ............................................................................................................................................................. 45
-1 فهرست منابع فارسی......................................................................................................................................... 46
-2 فهرست منابع لاتین........................................................................................................................................... 46
-3 سایت های اطلاع رسانی.............................................................................................................................. 47
چکیده انگلیسی...................................................................................................................................................... 48
سمینار ارشد برق پیشگویی ساختار پروتئین ها به کمک کنترل فازی
