فرمت فایل : WORD (قابل ویرایش)
تعداد صفحات:143
فهرست مطالب:
چکیده فارسی ر
چکیده انگلیسی ز
فصل اول: مقدمه
1-1 تاریخچه مطالعات سیستماتیکی سرده Viola 2
1-2 موقعیت سیستماتیکی تیره Violaceae 4
1-3 موقعیت سیستماتیکی سرده Viola 7
1-4 شرح ریخت شناسی تیره Violaceae 7
1-5 شرح ریخت شناسی سرده Viola 8
1-6 سیستم زادآوری در سرده Viola 11
1-8 پراکنش جغرافیایی تیره Violaceae 16
1-9 پراکنش جغرافیایی سرده Viola 16
1-10 دورگه گیری 17
1-10-1دورگه گیری در زیربخشه Viola 18
1-11 شناسایی گونه ها در سرده Viola 19
1-12 تاریخچه مطالعات تشریحی در سرده Viola 20
1-13 مطالعات فیلوژنی 24
1-13-1 مروری بر نشانگر های مورد استفاده در بررسی های فیلوژنی در سطوح زیر سرده ای Viola 24
1-13-2 ساختار توالی هسته ای ITS 25
1-13-3 ساختار توالی کلروپلاستی trnL-F 27
1-13-4 تاریخچه فیلوژنی سرده Viola 29
1- 14 اهداف: 39
فصل دوم: مواد و روش ها
2-1 مطالعات تشریحی 41
2-1-1 روش تهیه محلول های رنگ آمیزی 42
2-2 بررسی مورفومتری و آنالیز عددی 44
2-2-1 نمونه برداری 44
2-2-2 اندازه گیری و آنالیز 45
2-3 مطالعه ی فیلوژنی مولکولی در گونه های Viola 48
2-3-1 استخراج DNA ژنومی از گیاه با استفاده از روش CTAB 49
2-3-1-1 روش تهیه بافر CTAB 51
2- 3 – 1 -2 تعیین غلظت و خلوص DNA 51
2- 4 تکثیر قطعات DNA مورد نظر 52
2- 4- 1 آغازگر ها: 52
2- 4- 2 دستورالعمل واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) 52
2-4-3 برنامه واکنش PCR برای تکثیر قطعات DNA مورد مطالعه 53
2-4-4 الکتروفورز ژل آگارز 53
2-4-5 تخلیص PCR 54
2-4-5-1 تخلیص محصول PCR 54
2-4-5-2 تخلیص محصول PCR از ژل 55
2- 4-6 تعیین توالی قطعات تکثیر یافته و آنالیز آنها 56
2-4-7 آنالیز فیلوژنتیکی 57
2-4-7-2 روش بیشینه صرفه جویی 58
2- 4- 7-3 روش بیشینه احتمال 58
2- 4-7- 5 مقایسه دو روش آنالیزی MP و ML 59
2- 4-7- 6 نحوه ی ترکیب دو مجموعه اطلاعاتی trnL-F و ITS 60
فصل سوم: نتایج
3-1 کلید شناسایی گونه های Viola در شمال ایران 62
3-2 شرح گونه های بخشه Viola 64
3-3 مطالعات تشریحی 82
3-4 آنالیز عددی 98
3-4-1 زیربخشه Viola 98
3-4-2 زیربخشه Rostratae 99
3-5 مطالعات ملکولی 103
3-5-2 تعیین توالی قطعه تکثیر یافته 105
3-5-3 آنالیز فیلوژنتیکی توالی ITS 109
3-5-3-1 آنالیزماکسیمم پارسیمونی داده های مولکولی nrDNA ITS 109
3-5-3-2 آنالیزماکسیمم پارسیمونی داده های trnL-F cpDNA 112
3-5-3-3 آنالیز Maximum Liklihood داده های nrDNA ITS 115
3-5-3-4 آنالیز Maximum Liklihood داده های trnL-F cpDNA 117
3-5-3-5 آنالیزماکسیمم پارسیمونی داده های ترکیبی nrDNA ITS وcpDNA trnL-F 119
3-5-3-6 آنالیز Maximum Liklihood داده های ترکیبی nrDNA ITS وcpDNA trnL-F 121
فصل چهارم: بحث
4-1 مطالعات تاکسونومیکی 124
4-2 مطالعات آناتومی 127
4-3 تاکسونومی عددی 129
4-4 مطالعات ملکولی 130
4-5 پیشنهادات 134
فصل پنجم: منابع
منابع 136
فهرست جدول ها
فصل اول: مقدمه
جدول 1-2-1 فهرست سرده هایی که در تیره Violaceae قرار می گیرند 6
جدول 1-3-1 موقعیت سیستماتیکی سرده Viola بر اساس سیستم APGIII. 7
فصل دوم: مواد و روش ها
جدول 2-1-1 مشخصات نمونه های هرباریومی مورد استفاده در مطالعه آناتومی 43
جدول 2-2-1 صفات کمی و کیفی اندازه گیری شده در آنالیز مورفومتری. 46
جدول 2-4-1 مشخصات نمونه های مورد استفاده در مطالعات ملکولی. 48
فصل سوم: نتایج
جدول 3-3-1 صفات مورد بررسی در آناتومی ریشه. 84
جدول3-3-2صفات مورد بررسی در آناتومی ساقه رونده. 87
جدول3-3-3 صفات مورد بررسی در آناتومی دمبرگ. 90
جدول3-3-4 صفات مورد بررسی در آناتومی دمگل. 93
جدول3-3-5 صفات مورد بررسی در آناتومی برگ. 97
فصل چهارم: بحث
جدول 4-1-1 اصلاحات انجام گرفته و بازنگری بخشه Viola. 124
فهرست شکل ها
فصل اول: مقدمه
شکل شماره 1-1-1 نمودار نشان دهنده تفاوت های تاکسونومیکی عمده بین 3 طبقه بندی زیر سرده ای Viola 3
شکل 1-2-1 نحوه قرار گیری تیره Violaceae در رده بندی جدید بر اساس APGIII 5
شکل 1-5-1 فرم رویشی و بخش هایی از Viola 10
شکل 1-6-1 تصویر شماتیک از V. alba 12
شکل 1-7-1 نقشه پراکنش تیره Violaceae در جهان 16
شکل 1-8-1 پراکنش گروه های عمده سرده Viola در جهان 17
شکل 1-9-1 دورگه گیری در زیر بخشه Viola 19
شکل 1-10-1 برش عرضی ریشه. 21
شکل 1-10-2 برش عرضی برگ 22
شکل1-10-3 برش عرضی دمبرگ 22
شکل 1-10-4 برش عرضی دمگل 23
شکل 1- 13- 2- 1 تصویر شماتیکی از ساختمان مولکولی NOR ها در یوکاریوت ها 26
شکل 1-13-2-2 تصویر شماتیک ژن ریبوزومی 27
شکل 1-13-3-1 تصویر شماتیک ژن کلروپلاستی 28
شکل 1-13-3-2 استفاده از ژن های مختلف در سطوح تقریبی تاکسونومیکی 29
شکل 1-13-3-1 درخت Strict consensus از 8 درخت با بیشترین پارسیمونی با استفاده از توالی ITS 31
شکل 1-13-3-2 مطابقت فیلوژنی ITS سرده Viola با اعداد کروموزومی پایه 33
شکل 1-13-3-3 درخت مطلق مرکزی از 8300 درخت با بیشترین پارسیمونی بر اساس توالی ITS 34
شکل 1-13-3-4 درخت Strict consensus از 4 درخت بدست آمده از داده های ISSR 35
شکل 1-13-3-5 درخت فیلوژنی با بیشترین پارسیمونی بر اساس توالی بین ژنی trnS-trnG 36
شکل 1-13-3-6 درخت دودمان ژنی اینترون CHS 37
شکل 1-13-3-7 درخت فیلوژنی NRPD2a/E2-a و NRPD2/E2-b در Viola. 38
شکل 1-13-3-8 مشخصات توالی NRPD2/E2. A موقعیت مرتبط NRPD2/E2 39
فصل دوم: مواد و روش ها
شکل 2-3-1 منطقه مورد مطالعه در شمال ایران 44
شکل 2-3-2، برخی صفات مورفومتری اندازه گیری شده 45
فصل سوم: نتایج
شکل 3-2-1 تصویر نمونه V. odorata 66
شکل 3-2-2 تصویر نمونه V. alba ssp. alba 69
شکل 3-2-3 تصویر نمونه V. sintenisii. 71
شکل 3-2-4 تصویر گونه V. rupestris 74
شکل 3-2-5 تصویر گونه V. reichenbachiana. 76
شکل 3-2-6 تصویر هرباریومی نمونه لکتوتیپ V. caspia.. 79
شکل 3-2-6 تصویر گونه V. caspia ssp. caspia. 80
شکل 3-2-7 تصویر گونه V. caspia ssp. sylvestroides. 80
شکل 3-2-8 تصویر نمونه هیبرید V. caspia × V. reichenbachiana. 81
شکل 3-3-1 برش عرضی ریشه 82
شکل 3-3-2 برش عرضی ریشه در گونه های مختلف بخشه Viola 83
شکل 3-3-3 برش عرضی ساقه رونده در گونه V. Caspia ssp caspia. 85
شکل 3-3-4 برش عرضی ساقه رونده در گونه های Viola 86
شکل 3-3-5 برش عرضی دمبرگ در V. alba 88
شکل 3-3-6 برش عرضی دمبرگ در گونه های Viola 89
شکل 3-3-7 برش عرضی دمگل در V. alba 91
شکل 3-3-8 برش عرضی دمگل در گونه های Viola 92
شکل 3-3-9 برش عرضی برگ در V. alba 95
شکل 3-3-10 برش عرضی برگ در گونه های Viola. 96
شکل 3-4-1-1 درخت رسم شده شامل 3 گونه زیربخشه Viola به روش Euclidian / UPGMA. 98
شکل 3-4-1-2 پلات 2 بعدی آنالیز PCA در زیر بخشه Viola 99
شکل 3-4-2-1 درخت رسم شده شامل 3 گونه زیربخشه Rostratae و نمونه هیبرید در مرحله گل دهی 100
شکل 3-4-2-2 پلات دو بعدی آنالیز PCA در زیر بخشه Rostratae در مرحله گل دهی 101
شکل 3-4-2-3 درخت رسم شده شامل 3 گونه زیربخشه Rostratae در مرحله میوه دهی. 101
شکل 3-4-2-4 پلات دو بعدی آنالیز PCA در زیر بخشه Rostratae در مرحله میوه دهی 102
شکل 3-5-1-1 تصویر ژل الکتروفورز Temperature gradient PCR. 103
شکل 3-5-1-2 تصویر ژل الکتروفورز توالی ITS مربوط به تاکسون های یررسی شده. 104
شکل 3-5-1-3 تصویر ژل الکتروفورز توالی trnL-F مربوط به تاکسون های یررسی شده. 105
شکل 3-5-2-1 توالی تطابق یافته توالی ITS مربوط به 17 تاکسون مورد مطالعه در شمال ایران. 107
شکل 3-5-2-2 توالی تطابق یافته توالی trnL-F مورد مطالعه در شمال ایران. 108
شکل 3-5-3-1-1 درخت قطعی بر اساس توالی ITS 111
شکل 3-5-3-2-1 درخت قطعی بر اساس توالیtrnL-F . 114
شکل 3-5-3-3-1 : درخت قطعی حاصل از آنالیز Maximum Likelihood داده های nr DNA ITS. 116
شکل 3-5-3-4-1: درخت قطعی حاصل از آنالیز ماکسیمم Likelihood داده هایtrnL-F cpDNA 118
شکل 3-5-3-5-1: درخت قطعی حاصل از آنالیز ماکسیمم پارسیمونی داده های ترکیبی. 120
شکل 3-5-3-6-1: درخت قطعی حاصل از آنالیز Maximum Liklihood داده های ترکیبی. 122
چکیده
در این مطالعه، بررسی بیوسیستماتیکی بخشه Viola از سرده Viola در شمال ایران از جنبه های مرفولوژیکی، آناتومیکی و ملکولی انجام شد. آنالیز عددی برای تاکسونهای جمع آوری شده از ایران متعلق به دو زیربخشه Viola و Rostratae به صورت جداگانه انجام گرفت و بر اساس نتایج حاصل از این آنالیز، گونه های هر کدام از زیربخشه های Viola و Rostratae از یکدیگر متمایز شدند. به منظور انجام مطالعات آناتومیکی، بخش های ریشه، ساقه رونده، برگ، دمبرگ و دمگل مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که صفات مورد بررسی در تمایز زیربخشه ها و گونه ها مفید هستند. بر این اساس دو گونه V. alba ssp. alba و V. sintenisii، در برشهای ریشه در وجود یا عدم وجود ناحیه مغز و تعداد لایه های پارانشیمی زیر آوند چوب از یکدیگر متمایز گردیدند. دو گونه نزدیک V. caspia و V. reichenbachiana نیز در برش های ریشه، در وجود یا عدم وجود مغز و تراکم کریستالی از یکدیگر قابل تمایز بودند. در بررسی مولکولی، از دو نشانگر، شامل nrDNA ITS و cpDNA trnL-F برای تعیین حدود گونه ها استفاده شد. بر این اساس، گونه های این بخشه به خوبی از یکدیگر متمایز شدند. به منظور بازسازی روابط فیلوژنی بخشه Viola و بررسی میزان خویشاوندی این بخشه با سایر بخشه های سرده Viola، داده های مولکولی با استفاده از روش بیشینه صرفه جویی تعبیه شده در نرم افزار PAUP* 4.b10 و روش بیشینه احتمال در نرم افزار TreeFinder (Version Of March 2011) آنالیز شدند. درخت مطلق مرکزی با بیشترین پارسیمونی برای داده های ترکیبی ITS و trnL-F، یک کلاد با ارزش حمایتی 100% را برای بخشه Viola بادو زیر بخشه Viola و Rostratae نشان می دهد. نتایج حاصل از این مطالعه، حضور 6 گونه و 3 زیر گونه را تایید کرده است. نتایـج به دست آمده نشان داد که V. alba ssp. alba و V. sintenisii به صورت سیمپاتریک در شمال ایران پراکنش دارد
کلید واژه: سیستماتیک ملکولی، Viola، آناتومی، شمال ایران، سیمپاتریک.
پایان نامه بررسی بیوسیستماتیکی بخشه Viola در شمال ایران
